Lleva bailando desde los doce años, debutó en el teatro del Pabellón Español de la Feria Mundial de Nueva York y después bailó por los tablaos hasta que, en 1969, Antonio Gades la convirtió en su pareja de baile. Cuando la compañía de Gades se disuelve Cristina Hoyos decide montar su propio espectáculo en el que actuaba como bailaora de flamenco solista. Este montaje le valió ser reconocida en Japón como la mejor bailaora de flamenco.
En 1978 crea junto a Gades y otros compañeros una nueva compañía con la que ruedan a las órdenes de Carlos Saura la versión cinematográfica de Bodas de sangre. Su colaboración con Gades continúa y en 181 crean la compañía Ballet Antonio Gades con Cristina Hoyos. Su colaboración con Saura se repite en Carmen y en El amor brujo. Finalmente en el 88 se decide a crear su propia compañía con la que no ha parado de cosechar éxitos y actualmente lleva por los escenarios Tierra Adentro.